在患有生殖器疱疹的病号中，男性同性恋者可产生直肠Ⅱ型疱疹病毒肛门直肠溃烂，其发病仅次于淋球菌产生的男性肛门直肠炎。临床展示为肛门直肠疼痛严重、便秘、排脓和里急后重，肛门可有疱和溃疡。
复发性生殖器疱疹在原发后1-4个月内出现。第一次Ⅱ型疱疹病毒溃烂后四季内临近60%病人复发，第一年可复发4-6次。未来次数减削。复发病人全身症状较原发轻，每次发作的病程也较短，惯例皮损约10天消退。有学者发觉Ⅰ型疱疹病毒化脓后只有14%复发，大大低于Ⅱ型疱疹病毒腐烂的复发率。复发平常都在原处，但水疱数目、维持时间和自觉症状均比原发者轻、淋讨好不肿大、很少有全身症状。复发性生殖器疱疹多出现在外阴、阴道、宫颈及龟头号部位，尿道发病较少见。由于复发性生殖器疱疹重复发作又难于掌握，有时疼痛较严重等因由，形成病号观念负责过重，而显示心理障碍胆颤致癌、畏惧传染给性伴侣、逃避与性伴侣的性生活、不愿与异性往来、导致性功用障碍，影响家庭和谐，甚至表示抑郁症。
生殖器疱疹病毒与生殖器恶性肿瘤关系密切。早在60年代就有人提出引发生殖器疱疹的Ⅱ型疱疹病毒或许是宫颈癌的躲藏致癌因子。近十多年来，已认得宫颈癌和性灵活有关，而Ⅱ型疱疹病毒又是性活跃人流中常见的致病因子，宫颈又常是病毒的复制部位，并且知觉生殖器疱疹往往与宫颈癌并发。患过生殖器疱疹的妇女比未患过者得宫颈癌的风险性大5-10倍。近日，在宫颈癌组织、剥脱细胞或癌初期细胞中察觉了Ⅱ型疱疹病毒特异抗原。从而证明Ⅱ型疱疹病毒在宫颈癌的引发过程中起了首要作用。另外，从阴茎癌患者的活检材质中也观摩到幼稚疱疹病毒样颗粒。然而证实天真疱疹病毒是生殖器恶性肿瘤致病因子的廉明凭据仍欠缺，尚有待于进一步证实。
近年来人们也留神到孕妇与Ⅱ型疱疹腐烂的严重性。对妊娠的患者或无症状排毒来说，最重要的是传染给新生儿。在妊娠初期，患生殖器疱疹的孕妇可影响胎儿，以致显示流产或死胎。婴儿先本质感染，出生时可出现带状分布的疱疹，癫痫发作，与肝脾肿大。如穿行产道化脓或羊膜早破而引发逆行腐烂时，轻者出生后数日乃至数周临床上可无触目症状。早期症状可仅有吃奶较差、兴奋，随后可浮现病毒血症或脑炎。严重者显现播散性生殖器疱疹病毒腐烂，可有高热、呼气艰苦质朴、出血及中枢神经系统病变，预后不好。
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