一、先天性无阴茎畸形：因生殖结节发育不全所致。此种病人除无阴茎外，还可能合并其他泌尿生殖器、直肠与肛门心血管系统以及下肢畸形，因此病人常常是短命的。对于能够成活下来的病人来说，最好的治疗方法是转归为女性。
二、包茎及包皮过长：临床最常见的男性生殖器先天性畸形。两种畸形的包皮虽然都覆盖阴茎，但是有包茎者其包皮不能翻至龟头以上，新生儿的包皮与阴茎的粘连一般在出生后2～3年就可自然消失，这是一种正常的生理现象。包茎与包皮过长常常是包皮炎、包皮结石、阴茎白斑以及阴茎癌等病的诱因。
三、双阴茎畸形：是因胚胎期阴茎始基发育障碍所引起的。常合并其他畸形如双膀胱、双直肠以及肛门脊柱等部位的畸形。
四、小阴茎畸形：一般认为新生儿阴茎的长度小于1cm，进入青春期后阴茎长度小于5cm，直径亦较小，但尿道及开口正常者即称为小阴茎畸形。其发病原因并不十分清楚，有可能是其他先天畸形的症状之一，因此要注意病人是否存在着性别畸形，以及内分泌和生殖器的其他先天疾患。患小阴茎畸形的病人其第二性征发育多较差，阴茎多存在勃起障碍，严重者甚至还有排尿困难。
五、大阴茎畸形：大阴茎畸形者的阴茎长度和直径均较正常者大。国内曾报道有阴茎长度达18cm，根部直径达3.5cm，阴茎头长3.5cm，头部直径达5.5cm者。大阴茎畸形病人还常常合并内分泌系统的其他疾病。
六、蹼状阴茎畸形：蹼状阴茎是指阴茎皮肤全长附着于阴囊，而使阴茎无法勃起，并影响排尿的一种畸形。
七、阴茎的弯曲畸形：先天性阴茎弯曲是因阴茎海绵体发育障碍所引起的畸形。阴茎呈向股侧弯曲。
八、隐匿阴茎畸形：多见于肥胖体型的人。病人常因肥胖导致阴茎发育异常，出现包茎及阴茎发育短小等症。除影响排尿外对性生活影响也较大，诊断此类病人应注意与小阴茎和无阴茎者相鉴别。
九、尿道下裂与尿道上裂：尿道下裂是一种常见的男性先天性畸形。其发病率大约是1/6000，不少病例有家族性。其特点是尿道发育不全，尿道外口位置异常以及阴茎向腹侧弯曲其。尿道上裂是一种罕见的先天畸形。其发生原因亦不十分清楚。
十、阴囊的先天畸形：阴囊的先天畸形比较少见，其发病原因尚不十分清楚。它常与其他生殖器畸形同时存在，根据文献报道阴囊部的畸形主要有先天性无阴囊、阴囊发育不全、阴囊异位以及阴囊裂等数种。
十一、睾丸的先天畸形：包括多睾、无睾、并睾、小睾以及正睾等。但这些畸形都十分少见，最常见的睾丸畸形主要是隐睾。
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